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老司机带你解锁ImageJ实用技巧(下)

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发表于 2019-9-22 18:27:01 |显示全部楼层
  本问题涉及免疫印迹(Western Blot)分析,提问者不能分别得到每个条带的值。
  灰度值0为纯黑,255为纯白,灰度值与光密度值(OD值)的关系如下图所示:
  以灰度来统计WB条带的线左右,条带越黑着色越深灰度值反而越小,这与我们的认知不符。
  4. 在工具栏中选择矩形工具——Rectangular, 最左边的为矩形工具,选择条带:
  5.工具栏中选择直线工具——Straight,下图最右边的为直线工具,按住Shift键使用直线的峰进行分割:
  6.选择魔棒工具——Wand tool,分别点击分割好的峰,即可得到结果,保存结果(File - Save as…)即可:
  7. WB统计分析一般将对照组标准化为100%或1,上述结果6个条带前3个为对照组。在Excel中,先计算对照组3个的平均值(AVERAGE(B2:B4)):
  问题五、怎样用image J一键输出这张图上所有的叶片面积,并且是编号的?
  Size(pixel^2): 默认为0-Infinity(无穷大),意思是需要计算的细胞数的细胞大小在哪个区间,比如在此叶子大小选择为 20000-Infinity,将不是计数目标的杂质点过滤掉,在此我们需要根据目的细胞的大小来试几个最小值就能得到准确的细胞计数结果。
  直线pixels,在Known distance(已知距离)填入1cm,Unit of length为cm,Global对所有后续打开图片有效,否则只对当前图片有效,点击OK。此时叶子图片标尺为:4. 后续分析叶子面积与前述步骤一致,此时得到的面积单位为cm^2:
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